В музейния фонд се съхраняват обекти от територията на цялата страна. В него се включва и богата колекция от културата на българите, които днес живеят извън политическите граници на България – от Македония, Западните покрайнини, Северна Добруджа и Банат.
Фондът на НЕМ е разпределен в 13 колекции:
Дърворезба. Домашни занятия и покъщнина
Произведенията на пастирската дърворезба представят една от най-големите колекции в Етнографския музей. Попълват я лъжици, лъжичници, овчарски чаши, просфори, хурки, хомоти, геги, столчета, свещници и пр. Представени са и произведения на българските резбарски школи (Тревненска, Дебърска, Самоковска) – икони, иконостаси, амвони, църковни двери, резбовани тавани.
Медникарство
Изделията от кована мед в музея онагледяват постиженията на майсторите медникари от почти всички градски центрове от ХVІІ до средата на ХХ век. Включени са старинни предмети с различно предназначение – блюда, подноси, чаши, канчета, котлета, съдове за вода. Много от тях са надписани и датирани.
Ковано желязо и занаяти
Наред с изработването на разнообразни оръдия на труда майсторите ковачи оставят наследство от образци на изкуството. Обект на украса са принадлежности за огнището, осветителни тела за дома и църквата, конски принадлежности, поставки за синии.
Керамика
Богатата колекция от керамични произведения отразява битовите и естетически възгледи на българите от ХІХ и ХХ век. Тя съдържа всички видове грънчарски изделия, съдове за битови нужди и свързани с църковния култ – съдове за вино, за ракия, за храна, купели за кръщение, купи за светена вода, кадилници.
Златарство. Накити
Колекцията представя разнообразието от традиционни български накити, които са неизменна част на женския, но и от мъжкия празничен костюм. Включени са всички видове метални накити – накити за глава (прочелник, подбрадник, косичник), обеци, гердани, пафти, гривни, амулети, кюстеци и пр.
Земеделие и животновъдство
Колекцията представя оръдията на труда, които българите употребяват в основните си поминъчни дейности – земеделие и животновъдство. Рала, сърпове, съдове и инструменти за преработка на мляко, ножици за стригане на овце и пр.
Обичаи и обреден реквизит
Обредният реквизит, съхраняван в музея, е с изключителна художествена стойност. Обхваща предмети с важна роля в празнично-обредната система на българите, в лечебни практики и магии – суровачки, кукерски маски, амулети, вотиви, мартеници, обредни хлябове, писани яйца.
Чуждестранно изкуство
Колекцията съдържа дарения, направени от чужди държавници и дипломати при престоя им в България. Такива има предоставени и от български държавници, получени при посещенията им в различни страни в периода от началото на ХХ век до днес. Експонатите включват предмети на изкуството и занаятите, които отразяват най-характерните особености от културата на съответния народ.
Шевици
Колекцията се състои от български народни шевици, дребни плетива и др. В нея са събрани образци на български народни шевици – везани поли, пазви и пр., дантели, плетива и кенета от цялата българска етническа територия.
Дребни тъкани
Колекцията се състои от традиционни народни тъкани, използвани в делничния и празничния живот на българите. В нея са събрани престилки, пояси, черги, килими, козяци, губери, пешкири, торби, пелени и пр.
Едри тъкани
Колекцията съдържа образци от различните видове познати техники и от различните центрове за производство на килими в България. Представени са килими от Чипровци, Самоков, Пирот, Котел.
Българско народно облекло
Най-богатата в страната колекция от оригинални комплекти костюми и отделни образци от традиционни дрехи, както свързаните с тях шевици, тъкани и накити. Музейните образци са от периода ХІХ – началото на ХХ век.